Träger der Akademie ist seit ihrer Gründung ein gemeinnütziger Verein. Seine Arbeit ist weder konfessionell noch parteipolitisch gebunden; die Vereinsmitglieder fühlen sich den Werten des Grundgesetzes verpflichtet.
Auf Initiative des Schweriners Dr. Wolfgang Donner erfolgte die Gründung am 02. April 1993 als „Akademie für Politik, Wirtschaft und Kultur in Mecklenburg-Vorpommern“. Als erster Vorsitzender konnte mit Uwe Möller der spätere Generalsekretär des Club of Rome gewonnen werden, diesem folgten 2011 der Schweriner Dr. Josef Wolf und 2019 der vormals langjährige stellvertretende Direktor der LpB MV Chrsitan Kuhn.
Heute ist Dr. Petra Zühlsdorf-Böhm die Vorstandsvorsitzende. Von 2007 bis 2024 war der Politikwissenschaftler Joachim Bussiek Direktor. Seit 2025 leitet Henry Ziese die Akademie. Im selben Jahr wurde Dr. Wolfgang Donner für seine außerordentlichen Verdienste für die Akademie zum Ehrenvorsitzenden gewählt.
Die langjährige Bindung an Schwerin führte zum Jahreswechsel 2016/2017 zur Umbenennung: Aus der Akademie für Politik, Wirtschaft und Kultur in Mecklenburg-Vorpommern wurde die Akademie Schwerin.
